最終的にはドライバを101/102に変更するのとレジストリ編集でした。
編集するレジストリは
\HKEY_LOCAL_MACHINE\SYSTEM\CurrentControlSet\Services\i8042prt\Parametersで
Layer Driver JPN="KBD101.DLL"
OverrideKeyboardIdentifier="PCAT_101KEY"
OverrideKeyboardSubtype=0x00000000
OverrideKeyboardType=0x00000007
でした。
Windows2000とかは普通に設定でできてた気がしますが、昔のことなので忘れてしましました...

